1904年入日本早稻田大学法科学习。1908年毕业归国，回家设馆教学。有人问：“以先生之人品学问，何不做官?”樊笑答：“不为道(盗)，宁作教！”1910年入新疆任新疆政法学堂教员。1911年任新疆审判厅厅长。辛亥革命后至北京，曾供职国务院，后充副总统黎元洪顾问。1917年，黎任总统分发樊为新疆阿克苏道尹。与樊同行者有参加过伊犁革命的湖北人蓝肇华，新疆督军杨增新疑之，留樊于迪化，久后方任为迪化道尹。樊批评杨利用各民族之矛盾互相牵制以巩固其权位，又提出“民族平等、整理财政、铲除贪污、发展教育、整顿军队”的政治主张，代表了当时新疆进步人士的要求。杨对樊取软化拉拢之策，赠以重金，并先后委充督署军务厅长，新疆交涉署署长、俄文法政专门学校校长等要职。1921年2月，驻奇台之两营营长宋金山、高土豪“叛变”，涉及樊之好友蓝肇华，杨欲杀蓝，樊力保，后逐蓝出境，樊、杨矛盾由是加深。1926年北伐战争迅猛发展，樊向杨试探请求返回内地，杨不许。樊恐其害己，颇思先发制人。1928年北洋政府解体，杨增新于7月1日通电拥护南京玫府，并宣告新疆省政府巳于6月20日成立，杨所内定之新省府委员无樊，樊恐杨将害己乃决心除杨。与张纯熙，吕蔡如、张馨等人密定行动计划。7月7日，俄文法政专门学校第一期学生举行毕业典礼，新疆军政首脑毕集。樊乃于宴席间将杨刺死，自任总司令及省长，下令召集各厅厅长到署开会。政务厅长金树仁不从，率军队包围督署，捕樊等21人，于当晚杀害。樊工诗词，晓音律，善奏钢琴，作有曲谱及《耀南诗稿》。

注：樊刺杨一案有许多疑点，且所有资料都非现场目击所写，有很大出入。